ألف 89 كتابا منها الكتب العلمية والدينية والفلسفية والاجتماعية والسياسية إضافة إلى الحكايات والمسرحيات وقصص الرحلات، ويتميز أسلوبه بالجاذبية مع العمق والبساطة.

قدم الدكتور مصطفى محمود أكثر من 400 حلقة من برنامجه التلفزيوني الشهير (العلم و الإيمان)، وأنشأ عام 1979 مسجده في القاهرة المعروف بـاسم "مسجد مصطفي محمود". ويتبع له ثلاثة مراكز طبية تهتم بعلاج ذوي الدخل المحدود ويقصدها الكثير من أبناء مصر نظراً لسمعتها الطبية، وشكل قوافل للرحمة من ستة عشر طبيبًا، ويضم المركز أربعة مراصد فلكية، ومتحفاً للجيولوجيا، يقوم عليه أساتذة متخصصون. ويضم المتحف مجموعة من الصخور الجرانيتية، والفراشات المحنطة بأشكالها المتنوعة وبعض الكائنات البحرية، والاسم الصحيح للمسجد هو "محمود" وقد سماه بإسم والده.

مصطفي محمودهو كويكب سمي تكريما لمصطفى محمود .
حمل الأن المجموعة الأعمال الكاملة للعلامة الدكتور/ مصطفي محمود